La Asociación médica Argentina alberga en su seno mas de cincuenta Sociedades Científicas de diversas especialidades. La mayor parte de ellas desarrollan sus actividades en la sede de AMA.

Existen además un número importante de otras Sociedades que revisten el carácter de Sociedades Invitadas. En general estas tienen su sede propia, pero realizan algunas de sus actividades en AMA.

Por último existen algunas actividades, que si bien son efectuadas en forma directa por AMA, por su complejidad o envergadura, para su ejecución la Comisión Directiva constituye Comisiones o Comités específicos.

La Asociación Médica Argentina por otro lado tiene convenios de cooperación con un gran numero de entidades académicas nacionales y extranjeras.